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#1anDeCovid à l’AP-HP : la plateforme Henri-Mondor de séquençage génomique du SARS-CoV-2

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Coronavirus -
Depuis un an, les équipes de l’AP-HP se mobilisent sans relâche pour faire face à l’épidémie de Covid-19. Elles ont su, au quotidien, faire preuve d’agilité, s’adapter, innover. Retrouvez quelques-unes des initiatives innovantes déployées par les personnels de l’AP-HP. #1anDeCovid

L’alerte donnée en décembre 2020 par le gouvernement britannique sur l’émergence et la progression rapide du « variant anglais » du virus SARS-CoV-2 a montré l’importance de la surveillance moléculaire de ce virus, mais aussi de l’ensemble des maladies infectieuses émergentes. La plateforme « Génomiques » de l’hôpital Henri-Mondor a été créée il y a 10 ans. Il s’agit d’une plateforme mutualisée hôpital-institut de recherche Inserm qui assure l’intégralité des séquençages (classiques et séquençages de nouvelle génération ou next-generation sequencing, NGS), à visée diagnostique et de recherche du site. Dès le départ, la plateforme « Génomiques » de l’hôpital Henri-Mondor s’est spécialisée dans le développement de nouvelles approches génomiques dédiées aux maladies infectieuses. Des approches originales de métagénomique infectieuse et des outils « maison » d’analyse bio-informatique des données massives de séquence ont été développés, permettant à la plateforme de recevoir des échantillons à visée d’analyse métagénomique de toute la France.

Dès le début de la crise, la plateforme a reçu des échantillons de patients ayant contracté le COVID-19 pour séquençage des génomes viraux entiers à visée de recherche physiopathologique. En janvier 2021, dans le contexte d’urgence à séquencer de façon massive les génomes de SARS-CoV-2 afin de suivre l’évolution épidémiologique des variants viraux, la plateforme s’est mobilisée pour une montée en charge rapide qui lui a permis d’assurer immédiatement environ 600 séquençages de génomes SARS-CoV-2 entiers par semaine.

La plateforme Henri Mondor a été labellisée par le Ministère de la Santé et des Solidarités comme l’une des 4 plateformes nationales de séquençage du SARS-CoV-2 dans le cadre du projet EMERGEN, sous l’égide de Santé publique France et de l’ANRS Maladies Infectieuses Émergentes. À ce titre, elle couvre un large territoire incluant le quart Nord-Est de la France, l’Est de l’Île-de-France et la Normandie. À court terme, la plateforme assurera le séquençage d’environ 1100 génomes de SARS-CoV-2 par semaine, avec la capacité de monter à 2200 pour des études spécifiques, contribuant ainsi activement à la politique de surveillance nationale des variants du COVID. Elle poursuit par ailleurs ses activités de séquençage métagénomique dans les indications spécifiques de cette méthode.

Forte de son expérience dans le cadre de la crise COVID, la plateforme de séquençage de l’hôpital Henri Mondor s’inscrit dans un projet à long terme de surveillance nationale de l’émergence, de la ré-emergence et de l’évoluton génétique des agents infectieux.

 

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