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Découverte d’un nouveau variant du SARS-CoV-2 à l’hôpital Henri-Mondor AP-HP

Publié le Communiqués de presse

Les équipes du laboratoire de virologie (Dr Slim FOURATI) et de la plateforme « Génomiques » (Dr Christophe RODRIGUEZ) de l’hôpital Henri-Mondor AP-HP, de l’Inserm et de l’Université Paris-Est Créteil (Institut Mondor de Recherche Biomédicale, U955 Inserm-Université Paris-Est Créteil), sous la direction du Professeur Jean-Michel PAWLOTSKY, ont découvert un nouveau variant du SARS-CoV-2, virus responsable de la COVID-19. Le variant « Henri-Mondor », jamais décrit à ce jour, a été identifié au sein d’un cluster constitué de trois professionnels hospitaliers et du conjoint de l’un d’entre eux. Il circule aujourd’hui activement en France.

Cette découverte a fait l’objet d’une publication le 30 mars 2021 dans le journal Emerging Infectious Diseases, édité par les Centers for Disease Control and Prevention d’Atlanta.

Le nouveau variant « Henri-Mondor » du SARS-CoV-2 est dérivé d’une souche virale apparue dès le début de la pandémie (clade 19B), qui avait été remplacée par des souches plus récentes au cours de l’année 2020.

Il est caractérisé par la présence de 2 délétions et 18 mutations d’acides aminés, dont 7 à 8 sont localisées à des positions clés de la protéine « spike », impliquée dans l’entrée du virus dans les cellules et cible des anticorps neutralisants induits par l’infection naturelle ou la vaccination. Les mutations N501Y et L452R, déjà observées sur d’autres variants viraux, semblent améliorer l’interaction de la protéine « spike » avec son récepteur et diminuer l’action des anticorps neutralisants.

Dans les quatre semaines qui ont suivi sa découverte, le nouveau variant « Henri-Mondor » a été trouvé chez 29 patients d'origines géographiques diverses (Île-de-France, Sud-Est et Sud-Ouest de la France). Sa fréquence de détection a continué à augmenter depuis avec l’identification de plusieurs clusters et il est de plus en plus fréquemment retrouvé dans les prélèvements testés par la plateforme de l’hôpital Henri-Mondor AP-HP. Dans l’enquête Flash 4 du 2 mars 2021, le variant « Henri Mondor » représentait 1,8% des souches séquencées sur le territoire national.

De nouvelles études seront nécessaires pour savoir si le variant « Henri-Mondor » est plus, autant ou moins contagieux que les autres variants connus, s’il est aussi bien détecté par les différents tests virologiques, s’il est associé à des formes cliniques de sévérité différente et/ou si sa sensibilité à l’action des traitements antiviraux et à la protection vaccinale est altérée par la présence de ses nombreuses mutations.

La découverte d’un nouveau variant du SARS-CoV-2, qui circule activement dans plusieurs régions françaises, souligne la nécessité d'une surveillance systématique de l'évolution des variants viraux, associée à un système d'alerte réactif.

La plateforme de l’hôpital Henri-Mondor AP-HP est l’une des 4 plateformes labellisées par le Ministère de la Santé et des Solidarités pour la surveillance moléculaire du virus SARS-CoV-2, dans le cadre du Projet EMERGEN de surveillance nationale coordonné par Santé publique France et l’ANRS Maladies Infectieuses Émergentes. Cette plateforme offre une capacité de production de plus de 1000 séquences par semaine, dédiée à la surveillance épidémiologique, et pourra bientôt doubler cette activité pour la réalisation d’études spécifiques.       

Référence : Discovery of a new SARS-CoV-2 variant of interest derived from clade 19B carrying 8 amino acid substitutions in the Spike protein circulating in several regions of France

Slim Fourati, Jean-Winoc Decousser, Souraya Khouider, Melissa N’Debi, Vanessa Demontant, Elisabeth Trawinski, Aurelie Gourgeon, Christine Gangloff, Gregory Destras, Antonin Bal, Laurence Josset, Alexandre Soulier, Yannick Costa, Guillaume Gricourt, Bruno Lina, Raphael Lepeule, Jean-Michel Pawlotsky, Christophe Rodriguez

DOI : 10.3201/eid2705.210324

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